Ishii foi preso, em março de 2003, nos primeiros meses de governo Lula, na Operação Sucuri, junto com outros 22 agentes da Polícia Federal, sete auditores da Receita Federal e três Policiais Rodoviários Federais, todos de Foz do Iguaçu, na fronteira do Paraná com o Paraguai. Também foram atingidos contrabandistas e intermediários.
Preso em 2003, condenado em primeira instância em 2009, Ishii manteve-se no cargo enquanto seu recurso não era julgado. O agente chegou a ser afastado dos serviços pela própria Polícia Federal, sem prejuízo em seus vencimentos, mas o Tribunal de Contas da União determinou seu retorno ao trabalho.
No recurso, os réus questionavam a legaliade das provas obtidas via interceptação telefônica e a determinação da Justiça de perda dos cargos, entre outras questões técnicas levantadas. Fischer decidiu pela perda imediata do cargo de outros dois condenados, cujos nomes são mantidos em sigilo, mas não se manifestou sobre a situação de Ishii.
Os réus ainda podem recorrer à turma e ao pleno do Tribunal.